MS-PEP data analyzer is een R-Shiny app ontwikkeld in samenwerking met het laboratorium van medische biochemie van universiteit Antwerpen (UAntwerpen).
In deze tool wordt de ruwe data geüpload (een tekstbestand met twee kolommen: M/Z en intensiteit, gescheiden door een tab). Daarnaast wordt ook een gekende peptide sequentie opgegeven. Vervolgens zal de tool alle mogelijke theoretische fragmenten van het peptide vergelijken met de bekomen pieken van het spectrogram en de fragmenten filteren en rangschikken op basis van waarschijnlijkheid.
Dit wordt onder andere gebruikt voor het bepalen van de knipplaatsen van proteases.
Het artikel waar deze tool gebruikt wordt is terug te vinden op https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34639054/.
Proteolytic cleavage of bioactive peptides and protease-activated receptors in acute and post-colitis
International journal of molecular sciences - ISSN 1422-0067-22:19 (2021) p.
De link naar de tool: https://bioit.shinyapps.io/PARs/
De link naar de source code: https://github.com/BiKC/MS-PEP
